Les souches et races sont à choisir adaptées au contexte local. Les plus résistantes seront privilégiées.
Les animaux biologiques naissent et sont élevés dans des exploitations biologiques (dérogations possibles mais les animaux passent alors par une période de conversion).
Les méthodes de reproduction naturelles sont privilégiées, toutefois l'insémination artificielle est autorisée. Le transfert d'embryons et le clonage sont interdits.
Les pratiques d'élevage, y compris la densité et les conditions de logement doivent permettre de répondre aux besoins de développement ainsi qu'aux besoins physiologiques et éthologiques des animaux.
Les animaux ont un accès permanent à des espaces de plein air, de préférence des pâturages, chaque fois que les conditions climatiques et l'état du sol le permettent (sauf restrictions sanitaires).
Le chargement est limité pour éviter le surpâturage et le tassement du sol ainsi que les pollutions liées aux effluents d'élevage.
L'élevage hors sol est interdit.
Chaque animal dispose d'une surface minimale, avec litière, à l'intérieur des bâtiments.
L'attache et l'isolement des animaux sont interdits sauf dérogation.
Le chargement et les éventuels achats d'effluents d'élevage sont encadrés pour ne pas dépasser la limite de 170 kg d'azote par hectare de surface agricole utile. Si cette limite est dépassée, un contrat devra être conclu avec une exploitation biologique pour l'épandage des effluents excédentaires.
Les effluents bio ne peuvent être épandus que sur des surfaces biologiques y compris sur l'exploitation les produisant.
Les animaux sont nourris avec des aliments biologiques, principalement locaux, répondant à leurs besoins nutritifs aux différents stades de leur développement.
Les ruminants doivent être nourris avec au moins 60 % d'aliments produits sur l'exploitation (ou en coopération avec d'autres producteurs/opérateurs AB de la région). Concernant les monogastriques (porcs, volailles...) cette part d'aliments autoproduits est ramenée à 20 %.
100 % de l'alimentation doit être issue de l'agriculture biologique ou en conversion, sauf dérogation temporaire et exceptionnelle.
La part des aliments en conversion autorisés est définie selon qu'ils sont autoproduits ou achetés.
Il existe une liste des matières premières, additifs, vitamines et minéraux autorisés en bio.
Les jeunes mammifères sont nourris au lait naturel (maternel de préférence) pendant une durée minimale définie par espèce
Le gavage est interdit. Toute pratique favorisant l'anémie également.
La santé des animaux est basée principalement sur l'observation et la prévention, avec des méthodes d'élevage stimulant les défenses naturelles. En cas de problème sanitaire, les méthodes alternatives (homéopathie, phytothérapie, etc.) sont privilégiées.
L'utilisation de médicaments vétérinaires allopathiques chimiques de synthèse ou d'antibiotiques à des fins de traitement préventif est interdite.
Le nombre de traitements allopathiques est limité à trois/an pour les animaux vivants plus d'un an (un seul traitement pour les autres).
Le délai d'attente légal avant commercialisation est doublé (48 h minimum).
La réglementation générale sur les vaccins et les traitements obligatoires s'applique.
En principe, l'ensemble des animaux d'une exploitation agricole est élevé en bio. Toutefois, la présence dans l'exploitation d'animaux non bio est autorisée, pour autant qu'il s'agisse d'espèces différentes, et qu'ils soient élevés dans des unités dont les bâtiments et les parcelles sont clairement séparés des bâtiments et parcelles bio.
L'éleveur tient un registre permettant d'attester cette séparation.
Les unités de production non bio ainsi que les locaux de stockage des intrants sont également soumis aux contrôles des organismes certificateurs.
L'organisme certificateur, indépendant et accrédité par l'INAO, effectue au moins un contrôle par an sur l'exploitation agricole (y compris sur les parties conventionnelles s'il y en a).
Des contrôles inopinés supplémentaires peuvent également être mis en place de façon aléatoire ou selon les risques présents sur l'exploitation (mixité, etc.)
Un registre d'élevage doit être tenu à jour et disponible en permanence pour l'organisme certificateur :
La conversion correspond à la période de transition entre un mode de production conventionnel et l'obtention de la certification « Agriculture Biologique ». L'éleveur suit les règles de production bio sous le contrôle de son organisme certificateur, mais commercialise ses produits dans le circuit conventionnel.
Cette période de conversion pour les terres et les produits végétaux est fixée à :
Une valorisation sous la mention « en conversion vers l'Agriculture Biologique » est possible pour certaines productions végétales à partir de la deuxième année.
Pour les animaux et leurs produits, la durée de conversion est variable selon les espèces. Elle va de 6 semaines (pour les poules pondeuses) à 12 mois (pour les bovins viande).
La conversion des animaux débute à partir du moment où la surface de l'exploitation destinée à leur alimentation est elle-même certifiée en agriculture biologique. En cas de conversion simultanée de l'ensemble des surfaces et des animaux d'une exploitation agricole, la durée de conversion est ramenée à 2 ans.